电影的故事背景来源于中国明代古籍记载中的神话故事《封神演义》中哪吒的故事，并在此基础上进行改编，将哪吒塑造成一个阴差阳错来到世间惹尽麻烦的乱世“魔童”。电影围绕这一人物讲述一个虽“生而为魔”却“逆天而行”的奇幻故事。

这是《哪吒》系列电影第二部，讲述了天劫之后，哪吒、敖丙的灵魂保住了，但很快会魂飞魄散。太乙真人打算用七色宝莲给二人重塑肉身，但是在重塑肉身的过程中却遇到重重困难，哪吒、敖丙的命运将走向何方的故事。